Спочатку повстання 1648 р. розгорталося на користь української православної церкви. Хмельницький неодноразово підкреслював, що однією з першочергових цілей повстання є оборона православ'я, і як він сам, так і його послідовники щедро роздавали церкві землі та привілеї. Внаслідок цього церква отримала 17 % усіх орних земель на Україні, ставши таким чином значною економічною силою. Проте її політичне становище підупало.

За перших гетьманів київські митрополити (як, наприклад, Сильвестр Косів та Дионісій Балабан) користувалися майже повною свободою дій. Козацька вер- хівка не втручалася у справи церкви, а духовенство й церковне селянство ста- новили майже автономний сегмент українського суспільства. Навіть у стосунках із царями та польськими королями, під владою яких перебувало багато право- славних, київські митрополити проводили власну політику. Але врешті-решт вичикло питання про те, хто матиме духовну юрисдикцію над українською церквою. Воно постало випадково у 1658 р. через рішення митрополита Балабана перейти вслід за Виговським на польський бік. Москва не могла примиритися з тим, що духовний пастир українських православних має свою столицю на території закля- тих її ворогів. Тому цар призначив тимчасовим митрополитом Лівобережжя архієпископа чернігівського Лазаря Барановича, відтак розколовши навпіл право- славну ієрархію. Більш того, росіяни вдалися до тиску, щоб перевести українську церкву з-під зверхності патріарха константинопольського й підпорядкувати її патріархові московському.

Спочатку українське духовенство чинило шалений опір цим спробам, вважаючи московську церкву нижчою в культурному відношенні. Але у 1686 р., після де- сятиліть обережних і тактовних умовлянь, лівобережне духовенство капітулювало, і новообраний митрополит, князь Гедеон Святополк-Четвертинський, погодився під- порядкувати свою церкву московському патріархові. Гетьман Самойлович, козацька старшина, дрібне духовенство і братства одностайно погодилися з цим рішенням. Тим часом православна церква Правобережжя зазнавала шаленого тиску з боку поляків, а з переходом до греко-католиків таких важливих єпархій, як Львівська, Перемишльська та Луцька, вона вступила в період за- непаду.

За доби Руїни доля трагічно відвернулася від новонародженої .на Україні козацької держави. З могутньої войовничої сили при Хмельницькому через 20 ро- ків по його смерті вона перетворилася на безпорадну жертву внутрішніх чвар, чужоземних вторгнень і поділів. До причин невдач українців у той період нале- жать: 1) внутрішні протиріччя між елітарними й егалітарними тенденціями роз- витку козацького суспільства; 2) інтенсивний зовнішній тиск на ще не сформоване козацьке суспільство з боку Московії, Польщі й Туреччини — трьох наймо- гутніших держав Східної Європи; 3) відсутність у козаків виразно окреслених політичних цілей, а також відповідних інститутів ефективного управління всіма верствами українського суспільства. Внаслідок цього Козацька Україна змогла збе- регти лише частину завоювань 1648 року.